Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros (café, uva, amêndoa, ameixa, etc.) foram caracterizados analisando as sequências de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S (ITS). Key words: Genetic diversity, 16S-23S rDNA, intergenic spacer, identification, detection. The sequence analysis of the tRNA content showed a conserved region with a few differences in the nucleotide composition. This spacer sequence contains two genes for tRNA (tRNA ala and tRNA ile). The dendogram based on similarity data revealed 5 main groups. The results revealed a higher level of variation than that found in 16S gene sequences, with similarity values ranging from 0.79-1.00. The 16S-23S sequences obtained were compared with 52 others sequences entries in GenBank database. The complete 16S-23S sequences from 08 strains were amplified through PCR using the primers designed in our lab. According to this fact, new primers have been designed in order to obtain a complete sequence and facilitate the sequencing. Current methods for sequencing the ITS region yields partial sequences that do not contribute with significant information. Strains of Xylella fastidiosa from several hosts (coffee, citrus, grape, almond, oleander, peach, plum, etc.) were characterized by analyzing the content of the nucleotide sequences of 16S-23S rDNA (coding for a small subunit ribosomal RNA) spacer region (ITS). IIMogi das Cruzes University - UMC - São Paulo, Brazil ICell and Molecular Biology Laboratory of Agriculture Nuclear Energy Center (CENA/USP) Piracicaba, São Paulo, Brazil Flávia Tereza Hansen Pacheco I Vitor Fernandes Oliveira de Miranda II Siu Mui Tsai I
#16s rdna sequence analysis code
Mailing address: Laboratório de Biologia Celular e Molecular, Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA/USP), ZIP CODE 13400-970, POBOX 96 Piracicaba, São Paulo, Brazil. Duas sequencias codificadoras de tRNA's foram encontradas (tRNAala e tRNAile) e mostram-se conservadas entre as linhagens analisadas com pouca diferença entre a composição nucleotídica.ĭiversidade genética 16S-23S rDNA espaço intergênico identificação detecçãoġ6s-23S rDNA: polymorphisms and their use for detection and identification of Xylella fastidiosa strainsġ6S-23S rDNA: polimorfismos e sua aplicação na detecção e identificação de linhagens de Xylella fastidiosaĬorresponding Author. O dendograma baseado em dados de similaridade agrupou as linhagens de X. Os resultados revelaram um alto nível de variação sendo maior que os níveis encontrados quando se utiliza o gene 16S para este tipo de análise, com valores variando entre 0.79 a 1.00. Fastidiosa foram amplificadas via PCR, sequenciadas e comparadas com outras 52 sequencias depositadas no GenBank. A sequencia completa da região ITS de 08 linhagens de X. Em vista disso, novos primers foram desenhados a fim de obter uma sequência completa e facilitar o sequenciamento. Os métodos atuais para o sequenciamento da região ITS produzem fragmentos parciais das sequências que não contribuem com informações significantes. Genetic diversity 16S-23S rDNA intergenic spacer identification detection This spacer sequence contains two genes for tRNA (tRNAala and tRNAile).
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